Az akvárium jó állapotban tartásához a legfontosabb, hogy jó szűrőrendszerrel rendelkezzen. A szűrő az akvárium tüdeje, feladata a víz megtisztítása és tisztán tartása. Visszatartja a szennyező részecskéket és ideális környezetet hoz létre annak érdekében, hogy a halak és növények egészségesen élhessenek. A szűrésnek két alapvető típusa van: mechanikus és biológiai. A mechanikus szűrés egyedüli célja a víz tisztán tartása, és olyan vízi környezetekhez javasolt, melyeknek nincsenek különleges igényei. A biológiai szűrés feladata, hogy a vízben található szennyező anyagokat mikroorganizmusok révén az akváriumi élet szempontjából hasznos anyagokká alakítsa, valamint elősegítse a növények fejlődését és a halak egészségének fenntartását. Mindkét szűréstípushoz adni lehet jó adszorpciós (megkötő) képességgel rendelkező aktív szenet (granulátum vagy szivacsbetét formájában), amely segít a vizet átlátszóvá és kristálytisztává tenni.